益生菌是一種微生物，在無氧的條件下具有分解糖類且對人體有很多益處的細菌。
說到它的益處有很多，比如它可粘附於腸黏膜上皮細胞，形成生物膜樣屏障結構，構成對致病菌的抗力；可產生大量短鏈脂肪酸，降低局部環境PH值，阻止有害菌與腸上皮的粘附；促進腸道蠕動，加速致病菌的排出。
還具有分泌大量抑殺菌物質，或分泌一些胞外酶，破壞黏膜受體，使的致病菌不能粘附和入侵；還能激活抗體的吞噬細胞的吞噬活性，促進特異性和非特異性IgA抗體的產生，增強免疫系統功能。
有益菌產生的短鏈脂肪酸可促進鈣和鐵的吸收；可合成多種維生素，如B1、B2、B6、B12、煙酸、泛酸、葉酸等；可提高食物轉化率；可消化分解抗營養物質，如植酸、胰蛋白酶抑制因子、非淀粉多糖、植物凝集素等，促進營養物質利用；維持腸內環境穩定；抗感染作用、抗病如腹瀉、便秘、消化道功能等；可與黃曲黴素B1結合，減少其誘發肝癌的作用，對結直腸癌、膀胱癌、乳腺癌、肝癌、肺癌均有抑制作用等。
正是因為益生菌有如此多的益處，引起了科學、醫學、營養學界的極大興趣，進行了大量研究、開發工作，目的是想通過相關產品解決人們的健康問題，如肥胖、部分癌症等，最普遍的認識是解決腸道方面的疾患。
在這種思維的引導下，加上商家趨利心態的作用和迎合消費者的心理，益生菌產品應運而生。
這裡有一個概念需要大家明晰，即益生菌是人體腸道內的對機體有益處的細菌，也稱作為有益菌，這種有益菌是人體腸道內通過對糖酵解而得到的。
益生菌產品則是一些微生物制品。
前者是在人體腸道內繁殖生成的，後者是通過食道進入到人體內的。
那麼，益生菌產品要想發揮對腸道的調節作用，或者說發揮促進人體健康的作用，就必須要經歷如下環節，否則，其作用將大打折扣，甚至隻能認為是商家的一個噱頭。
其一，既然益生菌是一種微生物，就會有活性。
所謂活性就是說它們在不斷地繁殖或死去，益生菌是動態的。
那麼，這些益生菌如何通過含有強酸的胃液而不被殺死？如果這些細菌遇到胃酸，在強酸作用下大部分細菌被殺死，被殺死的有益菌還有什麼作用？可能有的商家說，我的產品耐酸，就是說產品中的益生菌可以在酸性條件下生存。
那麼我們再看益生菌能否通過第二關？
其二，微生物也是由蛋白質構成的，假如有個別有益菌躲過胃酸的剿滅，但胃腸道還有諸多消化酶，這些消化酶中蛋白酶可分解蛋白質，這些益生菌有沒有不被蛋白酶分解的可能？
其三，胃腸道還有溶菌酶，是一種能水解細菌中黏多糖的堿性酶。
它主要是通過破壞細胞壁，使細胞壁不溶性黏多糖分解成可溶性糖肽，導致細胞壁破裂內容物逸出而使細菌溶解，這也是微生物難以通過的一道坎，益生菌如何闖過細菌溶解酶絞殺這一關？
其四，如果說這些益生菌具有耐酸性，不怕胃酸，那麼對堿性也不怕嗎？人體的小腸裡可是堿性的環境，經過胃酸處理過的帶有酸性的食糜進入腸道後，立即被腸道的堿性中和，被變成堿性食糜。
不怕酸的細菌，是否也也不怕堿性？
其五，即使益生菌能夠闖過酸、堿、酶等滅殺頑強地活了下來，能否定植在宿主的腸道內也是未知。
腸道蠕動具有機械清洗的作用，這種作用不利於細菌定植和繁殖。
如果有益菌不能定植在人體內，即使益生菌能活著進入結腸也會隨糞便一起排出體外，除了通便作用，對人體其他保健作用微乎其微。
其六，體內正常菌群具有一定的免疫原性，可刺激宿主產生相應的抗體，這種抗體對自身不產生抗原抗體反應。
但對其他菌屬可能有抑制作用，這與維持腸道菌群平衡的機制密切相關。
就是說，機體的免疫系統對自身產生的菌群有保護作用，對通過食道進入的細菌會引起身體抗原抗體的反映，並將其消滅掉，益生菌產品的有益菌能夠躲過嗎？
今年5月8日，『第3屆中國整合腸病學學術會議』上，糞菌移植為人們展現了神奇功效，並介紹世界上第一例使用糞菌移植方法成功治療的難治性克羅恩病。
目前，利用微生物治療疾病的方法很多，但都有各自的局限性，除了口服外，還有經鼻胃管、鼻空腸管、胃十二指腸鏡等，這些方法均須常規給抑酸藥物以減弱胃酸作用，而且糞菌懸液又不一定能到達結腸遠端部位。
所以，糞菌移植將有可能解決有益菌存活的問題。
雖然腸道菌群展現出『神奇』的本領，但不代表其相關產品就是靈丹妙藥。
最新的研究成果，也絕不是某個特定產品的背書。
就目前看來，要想調節腸道菌群的平衡，還須通過補充膳食纖維比較好，這是最經濟，也是最為有效的方法。
因為，膳食纖維到達腸道後，通過酵解可使有益菌增殖，是腸道有益菌的主要來源。