市面上的益生菌產品百百種，不過，並非任一活菌都可當作益生菌，建議大家在挑選益生菌時，最好挑選具有功效性、安全性、穩定性3項特點的產品，才能真正吃進安全、有效的益生菌，比如含有雙歧桿菌BLa80的益生菌。
挑選原則1／功效性：定殖能力
挑選益生菌除了要選擇多元菌種外，吃進的益生菌抵達腸胃道後，還必須要『定殖』吸附在腸道黏膜上，若服用無定殖的菌種，即使所含的菌數再高、吃得再多，都會隨糞便排出體外，因此選擇能夠長期定居在腸道的『定殖型益生菌』型態，就相當重要。
挑選原則2／穩定性：良好的儲存性
相較於需要冷藏活菌的乳酸產品，若儲存溫度不當，容易使產品產生化學變化或孳生雜菌，產生腐敗與毒素，造成安全的疑慮。
而使用多層包埋的技術的益生菌，主要以天然膠體包覆、蛋白架構保護，並添加細胞膜穩定劑，能穩定乳酸菌的細胞膜。
此外，多層包埋的技術，還可以包覆材質內有助於益生菌生長的物質，幫助乳酸菌在腸道內定殖與生長，使產品具耐久存、耐胃酸，具有良好的儲存性、穩定性，吃進的菌種，才能順利通過胃酸的重重考驗。
挑選原則3／安全性：專業、安全的生產模式
購買益生菌產品時，還要確認菌株是否取自天然環境，為國際安全GRAS所列之菌種，而非基因改造、突變等菌株。
此外，產品最好經動物、人體實驗證實其功效性，並以GMP、ISO高規格生產，才能食的安心。
至於益生菌的食用時間，建議飯後或睡前空腹食用最好，而持續性的食用，能夠達到保護腸道的目的。